El juego se centra en Paris, durante la Revolucion Francesa. El asesino protagonista es un nuevo personaje llamado Arno Dorian, un frances nacido en versalles. Despues de la muerte de su padre, Arno es adoptado por una familia de la Orden de los Templarios. Su padre adoptivo es asesinado, lo que conlleva a Arno a unirse a la Hermandad de los Asesinos, donde ira progresando hasta alcanzar el rango de Asesino. Arno contara con la ayuda de Elise de LaSerre, que es la hija de su padre adoptivo, con la cual tiene una relacion romantica. Ella tambien desea vengarse de la muerte de su
padre uniendose a los Templarios. 
